Sự kiện Đông Nam hỗ bảo được xem là một sự kiện đặc biệt cuối thời nhà Thanh, bởi vì dù thực tế nhà Thanh đã không thể kiểm soát tình hình các tỉnh phía Nam, nhưng đây là lần đầu tiên các tỉnh công khai phản kháng mệnh lệnh của triều đình trung ương do Từ Hy Thái hậu kiểm soát. Điều này đã mang lại những hệ quả như sau:

Về chính trị, đây là lần đầu tiên các đại thần người Hán công khai phản kháng mệnh lệnh của triều đình Mãn Châu. Đốc phủ các tỉnh Đông Nam lợi dụng sự thành công của thỏa thuận bảo vệ chung với các cường quốc để ngăn cản sự xâm lấn của các cường quốc, đảm bảo ổn định ở các tỉnh ngoài Sơn Đông và Trực Lệ. Thông qua việc ngăn chặn ảnh hưởng của cuộc chiến giữa Nghĩa Hòa Đoàn với Liên quân tám nước lan xuống phía nam mặc dù nhà Thanh vẫn tồn tại, tuy nhiên uy tín của nhà Thanh đã bị đẩy xuống mức thấp nhất, phản ánh sự suy yếu cực độ của triều đình trung ương của người Mãn Châu sau hơn 200 năm cai trị Trung Hoa. Triều đình không những không thể trừng phạt các tỉnh kháng lệnh, mà trái lại còn khen ngợi các tỉnh đã "biết lượng sức mình, không xem nhẹ ngoại quốc gây hấn, thực là đạo giữ nước của những thần tử lão thành". Quyền lực của các địa phương càng lúc càng bành trướng, tạo ra nguy cơ phiên trấn về sau. Lực lượng cấm quân như Thần Cơ Doanh, Hổ Thần Doanh và Vũ Vệ Quân tham gia vào Nghĩa Hòa Đoàn chống lại Liên quân đều bị thiệt hại hầu như không còn, ngoại trừ lực lượng tinh nhuệ nhất của Vũ Vệ Quân do Viên Thế Khải chỉ huy là được bảo toàn, cánh quân này do đó đã trở thành lực lượng chỉ trung thành với Viên, và là nền tảng vững chắc để Viên gia tăng quyền lực của mình trong triều đình sau này. Năm Quang Tự thứ 30 (1904), triều đình tiến hành Tân chính để xoa dịu sự phản kháng của các địa phương, tuy nhiên thay vào đó lại củng cố quyền lực cho Viên Thế Khải. Các tỉnh nhân việc chống lại sự xâm lấn của nước ngoài đã nhanh chóng củng cố và mở rộng thế lực của mình, thúc đẩy nhanh quá trình quân phiệt hóa. Đến khi Cách mạng Tân Hợi nổ ra, những quan lại trung thành với nhà Thanh bị đuổi đi, quá trình quân phiệt hóa kết thúc, chính thức mở ra thời đại quân phiệt.

Về kinh tế - xã hội, Đông Nam hỗ bảo đã bảo vệ nền kinh tế công thương ở Đông Nam không bị ảnh hưởng bởi chiến loạn, bảo toàn tính mạng và tài sản nhân dân. Bởi các tỉnh phía Bắc bị chiến loạn làm cho tiêu điều nên không ít người dân xuống miền nam tị nạn đã thiết lập công xưởng sản xuất. Thống kê từ năm Quang Tự thứ 27 (1901) đến năm Quang Tự thứ 31 (1905) đã có 62 xí nghiệp, công xưởng mới được thiết lập tại Thượng Hải và khu vực Tô - Hàng. Nhà máy dệt của Trương Kiển từ năm Quang Tự thứ 26 (1900) đến năm Quang Tự thứ 29 (1903) đã sinh lợi nhuận gần 20 vạn lượng. Sau phong trào Nghĩa Hòa Đoàn, kinh tế phía Nam tiếp tục phát triển, cùng với việc nhà Thanh tiến hành Tân chính đã khuyến khích sự phát triển công thương nghiệp và của giai cấp tư sản dân tộc Trung Hoa. Đồng thời, sự ổn định của Đông Nam đã thúc đẩy người dân từ những vùng chiến loạn phía Bắc xuống tị nạn, trong đó có rất nhiều gia đình sĩ phu, tư sản như Nghiêm Phục, Vương Sùng Huệ, Trần Cẩm Đào. Điển hình ở Thượng Hải, dân số ở các tô giới từ năm Quang Tự thứ 21 (1895) cho đến sau sự kiện Đông Nam hỗ bảo đã tăng từ 29 vạn lên đến 44 vạn người. "Chương trình bảo vệ Thượng Hải" được ký kết sau đó vào tháng 7 năm 1900 có điều khoản quy định rằng nên mở rộng hệ thống giao thông công chính, lựa chọn thanh niên vào lực lượng bảo an, đề phòng những sự vụ phát sinh. Có thể thấy, Đông Nam hỗ bảo về mặt nào đó mang lại động lực phát triển kinh tế - xã hội cho Thượng Hải.

Về ngoại giao, Đông Nam hỗ bảo đã khiến phong trào Nghĩa Hòa Đoàn không thể lan xuống phía Nam, giúp cho các nước đế quốc rảnh tay đối phó với nghĩa quân, từ đó khiến Nghĩa Hòa Đoàn thất bại. Điều này khiến Đông Nam hỗ bảo đối lập với phong trào đấu tranh chống đế quốc. Thực tế dù các cường quốc không thể tấn công Đông Nam, nhưng tô giới của các nước này không bị tổn thất, thậm chí còn tăng trưởng mạnh. Từ năm Quang Tự thứ 26 (1900) đến năm Quang Tự thứ 31 (1906), các quốc gia này ước tính đã đầu tư xây dựng 40 nhà máy, xí nghiệp, hầm mỏ ở lưu vực Trường Giang với tổng số vốn lên đến hơn 6000 vạn lượng.

Đối với việc đánh giá tính chất sự kiện lịch sử này, quan điểm truyền thống trước đây cho rằng Trương Chi Động vì lợi ích cá nhân của mình đã cấu kết với các thế lực địa phương và ngoại quốc bán rẻ quyền lợi quốc gia - dân tộc; tuy nhiên các quan điểm hiện đại lại cho rằng với bối cảnh lịch sử đặc biệt như vậy, hành động của Trương cùng với tổng đốc và tuần phủ các tỉnh đã bảo vệ tính mạng và tài sản của dân chúng, qua đó giữ vững tiềm lực kinh tế - chính trị của miền Nam Trung Hoa. Xét cho cùng, Đông Nam hỗ bảo đã phản ánh những mâu thuẫn dân tộc cuối thời nhà Thanh gồm mâu thuẫn Mãn - Hán với mâu thuẫn Trung Hoa - phương Tây, đồng thời cũng phản ánh mâu thuẫn xã hội giữa giai tầng thống trị phong kiến với quần chúng nhân dân cuối thời Thanh.